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在Windows 98时代，微软采用的是FAT32文件系统，采用32位的文件分配表。由于2000年开始磁盘容量开始大幅提升，FAT32文件管理格式可以对磁盘的管理能力大大增强，突破了FAT16对每一个分区的容量只有2 GB的限制。在Win 98操作系统之后，微软为Windows NT系统推出了New Technology File System（NTFS）文件系统，并从Windows 2000开始一直沿用到Windows 8。NTFS格式开始支持元数据，比FAT32对磁盘的利用率更高。采用FAT32格式的操作系统可以最高支持32GB的分区，而支持NTFS格式的系统可以支持高达2TB的磁盘分区。
从Win 10开始，微软推出了ReFS文件系统，也叫做“弹性文件系统”。相对于NTFS文件系统，ReFS文件格式提升了更多的可靠性，特别是对于老化的磁盘或者是当机器发生电影断电的时候。可靠性部分来自底层的变化，比如文件元数据的存储和更新。ReFS兼容Storage Spaces跨区卷技术，当磁盘出现读取和写入失败时，ReFS会进行系统校验，可以检测到这些错误，并进行正确的文件拷贝。
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