项目所在组织结构分为职能型组织、矩阵型组织（弱矩阵、平衡矩阵、强矩阵）和项目型组织三种。
职能型组织的优点：
直线管理，信息垂直传递；专业化领域有清晰的发展思路；更容易管理专业人士；内部资源集中、统一职能，内部沟通比较日用，对于本专业及内部的问题容易得到解决。
职能性组织的缺点：
员工更关注于本部门，本职能的工作，这些工作会优先于项目工作方；没有全职的项目经理，项目经理职能作用发挥不出来；与其他部门没有沟通，容易忽略相关方需求；跨部门解决问题较为困难。
矩阵型组织的优点：
有专职的项目经理和清晰的项目目标；资源使用率高，能最大限度的利用稀缺资源；项目经理控制资源的能力得到加强；专业分工，专业知识积累；有利用跨部门协调资源；跨部门信息传递及时；项目成员有“家”可归，在项目结束后，还可以继续回到原部门，且业务能力得到加强。
矩阵型组织的缺点：
项目成员接受双重领导，受本部门职能经理和项目经理领导；沟通复杂，沟通难度大；项目经理和职能经理容易产生权利冲突和对资源的争夺；职能部之间，不同项目之间在资源、利益方面冲突增大；需要更多的规章制度、政策、程序来约束；项目经理对项目成员没有绝对的权利。
矩阵型组织又分为弱矩阵、平衡矩阵和强矩阵。矩阵型组织的团队成员是从职能部门抽调来的，项目组很难对项目成员进行激励。
项目经理在职能型组织中被称为联络员或协调员，在弱矩阵中往往被称为协调员。
联络员和协调员的分别是：联络员不能亲自制定或推行决策。而协调员有权利做一些决策，有一定的职权，向较高级别的经理汇报。项目在弱矩阵和平衡矩阵时可供项目使用的资源非常有限。强矩阵有全职的项目经理，可以管理项目的预算或财务资源。
美国项目管理协会比较推崇强矩阵类型，即组织有独立的项目管理团队，项目经理直接汇报给项目总监等高层领导而不是直接汇报给职能经理。在强矩阵组织中，项目成员还是由职能经理招聘的。
项目型组织的优点：
项目组织简单、高效；项目经理权利充分；项目成员工作集中度高、专注于项目工作；沟通、决策速度快；有利于项目团队建设。
项目型组织的缺点：
项目结束后，项目成员解散，浪费人力资源；人员设备配置重复；资源使用率低、相关方积极性调动不起来；
我们一般可以根据项目经理与职能经理的权力大小来判定是什么组织形式。例如，职能经理可以不与项目经理协商就把人员从项目上撤离，这往往发生在职能型或弱矩阵组织中。
一般情况下，如果是单个部门的项目，建议使用职能型组织。如果是跨部门的项目，用矩阵型组织。如果需要最大程度控制资源，用项目型组织。
很多组织在不同的组织层级上用到上述所有的结构，这种组织通常被称为复合型组织或混合型组织。
紧密矩阵并不是矩阵型组织的一种类别，而只是指把项目团队成员集中办公（War Room），集中办公是建设团队过程的工具。
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