深度定制安卓系统是指以android源码为基础，以产品特性为目的而进行深度改造的系统。市面上最常见的深度定制系统是中国移动OPhone所采用的OMS系统。深度定制不只是对UI进行的重新设计，还会围绕硬件的特性对系统API进行改动，造成使用标准API接口的应用程序在深度定制的系统上无法兼容。
安卓是一个开源的系统 ，在一定的基础上可以对原系统进行修改，这样既保留了安卓原有的特性，又添加了一些新的功能和特点。在软件兼容上，深度定制的安卓系统是可以兼容原生的软件的，但是 因为深度定制的安卓系统添加了新的特点，所以，有一些软件是专门针对深度定制的安卓系统而开发的，所以原生的系统可能是不兼容的。总体来说 ，深度定制的安卓系统和原来的系统在操作上相似度还是很高的。现在用完全原生的安卓系统的手机是不多的，大部分都是经过修改美化的安卓。
深度定制的手机一般都是无法升级成原生Android系统的，只能使用厂商发布的定制系统升级包。有些高手玩家可能会移植一些基于某型号手机的原生Android系统，但是因为技术原因，这些系统的稳定性很差，为了兼容应用软件而刷这些系统是得不偿失的。
当前各大手机制造商为了标榜自己的本土化，针对性设计，都在Android系统上加入很多的自主东西，现在市场上的魅族M9、移动OMS、点心OS都是非原生Android 系统，还有乐Phone的乐OS也基本上看不到原生Android的影子，这些都是深度定制的安卓系统，只是在原生安卓上面做了一定的UI修改或者是加入了自己的一些应用软件。
